先秦时期,阿坝州地区分属蜀族、冉族、藏族、羌族、駹族等。
秦时,置湔氐县,治所在今松潘县西北,一说在今都江堰市,属蜀郡。
西汉时期,改湔氐县为湔氐道;置绵虒县,治今汶川县绵虒镇。
西汉元鼎六年(前111年),置汶江县,治所在今茂县北三里;置广柔县,治所在今理县桃坪羌寨村古城村;置蚕陵县,治所在今茂县较场村南迭溪。
绵虒县、湔氐道、汶江县、蚕陵县、广柔县属益州蜀郡。

王莽时期,改蚕陵为步昌,东汉复旧名。
东汉时期,改汶江县为汶江道;改绵虒县为绵虒道;改蚕陵县为八陵县。
三国蜀汉时期,复改八陵县为蚕陵县;置平康县,治所在今黑水县东北;置白马县,治所在今松潘县西北。
西晋时期,改汶江道为广阳县;改湔氐道为升迁县,治所在今松潘县西北,一说在今黑水县;改绵虒道为汶山县,治所在今茂县北。
西晋太康元年(280年),改白马县为兴乐县。
汶山县、升迁县、广阳县、平康县、蚕陵县、兴乐县、广柔县属益州汶山郡。

西晋永嘉后,废广柔县。
东晋后,废广阳县、汶山县、蚕陵县。
南朝宋时期,废升迁县、平康县、兴乐县。
南朝梁普通三年(522年),复置广阳县。
西魏废帝元年(552年),置同昌县,治所在今九寨沟县南坪镇东北;置尚安县,治所在今九寨沟县南坪镇西北、黑水河东岸,一说在今甘肃舟曲县西南;置帖夷县,治所在今九寨沟县南坪镇东南一百里白水江东岸;置尚安县,治所在今九寨沟县南坪镇西北、黑水河东岸,一说在今甘肃舟曲县西南;置钳川县,治所在今九寨沟县南坪镇西北一百三十里。
北周时期,置龙求县,治所在今茂县西北两江口;置金崖县,治所在今松潘县北。
北周保定四年(564年),置汶川县,治所在今汶川县。
武帝时期,置石门镇,在今理县通化乡,属汶川县。
北周天和元年(566年),置通轨县,治所在今黑水县北。
天和年间,置江源县,治所在今松潘县安宏乡,一说在今松潘县西;置交川县,治所在今松潘县东南。
天和元年(566年),复置平康县;置嘉诚县,治所在今松潘县;置翼针县,治所在今茂县较场乡南叠溪城;置广年县,治所在今黑水县东北三十里。
隋朝时期,改石门镇为金川镇。
隋开皇三年(583年),改龙求县为清江县。
开皇四年(584年),置薛城戍,在今理县薛城镇西南;置定廉戍,在今理县上孟乡。
开皇六年(586年),升金川镇为金川县。
开皇十八年(598年),改金川县为通化县;改清江县为翼水县。
隋仁寿元年(601年),改广阳县为汶山县,治所在今茂县;改广年县为左封县。
尚安县、钳川县、帖夷县、同昌县、嘉诚县、金崖县属同昌郡;汶山县、汶川县、交川县、通化县、左封县、平康县、翼水县、翼针县、江源县、通轨县属汶山郡。

隋末,废通轨县。
唐朝时期,废金崖县、江源县;置悉唐县,治所在今茂县西北;置广平县,治所在今马尔康县东,一说在今黑水县沙石多镇;置安居县,治所在今理县北境;置羁縻清塞州,在阿坝藏族自治州东北部一带,属关内道灵州都督府,后废;置羁縻悦州,治所在今阿坝藏族羌族自治州东北,属关内道静边州都督府,后废。
唐武德初,废平康县。
武德元年(618年),置羁縻涂州,治所在在今汶川县西南,属茂州都督府;置端源县,治所在今汶川县西南,属涂州;置婆览县,治所在今汶川县西南,属涂州,后废。
武德二年(619年),废左封县。
武德七年(624年),改薛城戍置薛城县;改定廉戍置定廉县;置金川县,治所在今理县东北。
唐贞观元年(627年),废金川县、定廉县;废端源县为涂源戍;置羁縻崌州,治所在今松潘县西北,属剑南道松州都督府,后废;置江源县,治所在今松潘县西北,属崌州,后废。
贞观二年(628年),废涂州;复置定廉县;复改涂源戍为端源县,后又废;置悉邻县,治所在今汶川县西南,属涂州,后废。
贞观三年(629年),复置通轨县;析薛城县置盐溪县,治所在今理县境。
贞观四年(630年),复置左封县;置羁縻西义州,治所在今若尔盖县东境,属剑南道松州都督府;
置羁縻祐州,治所在今若尔盖县西境,属剑南道松州都督府,后废;置廓川县,治所在今若尔盖县西境,属祐州,后废;置归定县,治所在今若尔盖县西境,属祐州,后废;
置羁縻嶂州,治所在今若尔盖县西北境,属剑南道松州都督府,后废;置洛平县,治所在今若尔盖县西北境,属嶂州,后废;置显川县,治所在今若尔盖县西北境,属嶂州,后废;置桂川县,治所在今若尔盖县西北境,属嶂州,后废;置显平县,治所在今若尔盖县西北,属嶂州,后废。
贞观五年(631年),复置涂州,后又废;置临涂县,治所在今汶川县西南,属涂州,后废;
置羁縻西雅州,治所在今阿坝县东南境,属剑南道松州都督府;置新城县,治所在今阿坝县东南境,属西雅州,后废;置三泉县,治所在今阿坝县东南境,属西雅州,后废;置石龙县,治所在今阿坝县东南境,属西雅州,后废;
置羁縻蛾州,治所在今阿坝县东南境或红原县南境,属剑南道松州都督府,后废;置常平县,治所在今阿坝县东南境或红原县南境,属蛾州,后废;置那川县,治所在今阿坝县东南境或红原县南境,属蛾州,后废;
置羁縻肆州,治所在今若尔盖县西北境,属剑南道松州都督府,后废;
置羁縻西封州,治所在今茂县西北或黑水县境,属剑南道茂州都督府;置大封县,治所在今茂县西北或黑水县境,属西封州,后废;置慕仙县,治所在今茂县西北或黑水县境,属西封州,后废;置义川县,治所在今茂县或黑水县境,属西封州,后废;
置羁縻向州,治所在今茂县西北或黑水县、红原县境,属剑南道茂州都督府;置贝左县,治所在今茂县西北或黑水县、红原县境,属向州,后废;置向贰县,治所在今茂县西北或黑水县、红原县境,属向州,后废;
置羁縻西博州,治所在今黑水县、红原县境,属剑南道茂州都督府;置小川县,治所在今黑水县、红原县境,属西博州,后废;置彻当县,治所在今黑水县、红原县境,属西博州,后废;置当博县,治所在今黑水县、红原县境,属西博州,后废;置恭耳县,治所在今黑水县、红原县境,属西博州,后废;置壁川县,治所在今黑水县、红原县境,属西博州,后废;
置羁縻嵯州,治所在今若尔盖县东境,属剑南道松州都督府,后废;
置羁縻西唐州,治所在今若尔盖县西北境,属剑南道松州都督府;置湘水县,治所在今若尔盖县西北境,属西唐州,后废;置河唐县,治所在今若尔盖县西北境,属西唐州,后废;置曲岭县,治所在今若尔盖县西北境,属西唐州,后废; 置祐川县,治所在今若尔盖县西北境,属西唐州,后废;
置羁縻诺州,治所在今松潘县西北,属剑南道松州都督府,后废;置诺川县,治所在今松潘县西北,为诺州治,后废;置德归县,治所在今松潘县北,属诺州,后废;置篱渭县,治所在今松潘县西北,属诺州,后废。
贞观六年(632年),置羁縻彻州,治所在今茂县西北或黑水县境,属剑南道茂州都督府,后废;置文彻县,治所在今茂县西北或黑水县境,属彻州,后废;置俄耳县,治所在今茂县西北或黑水县境,属彻州,后废;置文进县,治所在今茂县西北或黑水县境,属彻州,后废;
置羁縻西冉州,治所在今黑水县、红原县境,属剑南道茂州都督府;置冉山县,治所在今黑水县、红原县境,属冉州,后废;置磨山县,治所在今黑水县、红原县境,属冉州,后废;置玉溪县,治所在今黑水县、红原县境,属冉州,后废;置金水县,治所在今黑水县、红原县境,属冉州,后废;
置羁縻西恭州,治所在今红原县、马尔康县境,属剑南道茂州都督府;置蓬都县,治所在今红原县、马尔康县境,属西恭州,后废;置亭劝县,治所在今红原县、马尔康县境,属西恭州,后废;置比思县,治所在今红原县、马尔康县境,属西恭州,后废。
贞观八年(634年),改西雅州为雅州,后废;改西封州为炎州,后废;改西博州为穹州,后废;改西恭州为笮州,后废;改西义州为可州,后废;改西唐州为盖州。
贞观九年(635年),改西冉州为冉州,后废。
贞观十七年(643年),翼针县徙治七里溪(在今较场乡)。
唐永徽元年(650年),废盐溪县入定廉县。
永徽二年(651年),置羁縻蓬鲁州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻姜州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻恕州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻葛州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻勿州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻鞮州,治所在今四川汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻占州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻达州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区;置羁縻浪州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻邠州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻敛州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻补州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻赖州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻那州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻举州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻多州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻尔州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻射州,治所在今汶川县邛崃山附近地区,后废;置羁縻铎州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻平祭州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻时州,治所在今四川茂县东北境;置羁縻箭州,治所在今汶川县邛崃山附近地区,后废;置羁縻婆州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻浩州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻质州,治所在今汶川县邛崃山附近地区,后废;置羁縻居州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区;置羁縻可州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区;置羁縻宕州,治所在今茂县西北,后废;置羁縻归化州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻奈州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻竺州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废;置羁縻卓州,治所在今汶川县西南邛崃山附近地区,后废。
蓬鲁州、姜州、恕州、葛州、勿州、鞮州、占州、达州、浪州、邠州、敛州、补州、赖州、那州、举州、多州、尔州、射州、铎州、平祭州、时州、箭州、婆州、浩州、质州、居州、可州、宕州、归化州、奈州、竺州、卓州属剑南道茂州都督府。
永徽五年(654年),置羁縻剑州,治所在今阿坝县东南境或红原县南境,属剑南道松州都督府,后废。
唐显庆年间,复置平康县,寻又废。
显庆元年(656年),置羁縻拱州,治所在今阿坝县东南境或红原县南境,属剑南道松州都督府,后废;置清道县,治所在今茂县西北;置静居县,治所在今茂县西北。
显庆二年(657年),析通轨县置利和县,治所在今黑水县东北三十里。
显庆三年(658年),置乔珠县,治所在今红原县南境;置柘县,治所在今理县西北与黑水县西南接界处。
唐咸亨元年(670年),悉唐县徙治左封县。
咸亨二年(671年),于故金川县置小封县。
唐文明元年(684年),置谷和县,治所在今黑水县西南;置平唐县,治所在今黑水县西南,寻废入谷和县。
唐垂拱元年(685年),复置平康县。
垂拱二年(686年),置归诚县,治所在今黑水县东南;小封县为吐蕃所陷,废,后复置。
唐载初元年(689年),左封县徙治匪平川(在今黑水县东南五十里)。
武周万岁通天二年(696年),改帖夷县为武进县。
武周长安二年(702年),尚安县徙治黑水堡(在今九寨沟县南坪镇黑河乡)。
武周神龙元年(705年),复改武进县为帖夷县。
唐开元中,崌州没入吐蕃。
开元二十四年(736年),析广平县置博恭县,治所在今理县西北;析广平县置烈山县,治所在今理县西北。
开元后,置羁縻让川州,治所在今小金县境,后废;置羁縻远南州,治所在今小金县境,后废;置羁縻卑庐州,治所在今小金县境,后废;置羁縻夔龙州,治所在今小金县境,后废;置羁縻耀川州,治所在今小金县境,后废;置羁縻金川州,治所在今金川县,后废;置羁縻夏梁州,治所在今小金县境,后废。
让川州、远南州、卑庐州、夔龙州、耀川州、金川州、夏梁州属剑南道雅州都督府。
唐天宝前,置羁縻东嘉梁州,治所在今小金县境,后废;置羁縻西嘉梁州,治所在今小金县境。后废;置羁縻杨常州,治所在今小金县或宝兴县境,后废;置羁縻论川州,治所在今小金县境,后废。
东嘉梁州、西嘉梁州、杨常州、论川州属剑南道雅州都督府。
天宝元年(742年),改翼针县为卫山县;改广平县为和集县;置安信县,治所在今理县桃坪乡古城,一说在今汶川县西北二十里;置归化县,治所在今理县东北;置牙利县,治所在今理县东北;置保宁县,治所在今理县东北,一说在今汶川县境;置归化县,治所在今理县东北。
天宝八年(749年),析定廉县置归顺县,治所在今理县北境;析定廉县置云山县,治所在今理县北境。
天宝十一年(752年),置峨和县,治所在今茂县太平村南岷江西岸。
唐至德二年(757年),改尚安县为万全县。
汶山县、汶川县、通化县属剑南道茂州;卫山县、翼水县、峨和县属剑南道翼州;薛城县、小封县、归化县属剑南道维州;嘉诚县、交川县、平康县属剑南道松州;通轨县、利和县、谷和县属剑南道当州;左封县、归诚县属剑南道悉州;悉唐县、静居县、清道县属剑南道静州;柘县、乔珠县属剑南道柘州;博恭县、烈山县、和集县属剑南道恭州;定廉县、归顺县、云山县、安居县属剑南道保州;安信县、牙利县、保宁县、归化县属剑南道霸州;同昌县、万全县、钳川县、帖夷县属剑南道扶州。

唐乾元后,废通化县、清道县、归顺县、安信县、牙利县、保宁县、归化县。
唐广德元年(763年),翼州、维州、松州、定廉县、云山县没入吐蕃。
广德后,悉州、柘州、扶州没入吐蕃。
唐大历三年(768年),置羁縻乾州,治所在今茂县西,属剑南道茂州都督府,后废;置招武县,为乾州治,后废。
大历五年(770年),静州、恭州徙治山险之地,后皆没入吐蕃。
大历五年后,当州没入吐蕃。
唐太和五年(831年),收复维州,寻弃其地。
唐大中三年(849年),复置维州;复置薛城县、小封县。
五代时期,小封县徙治故通化县,更名为通化县。
五代前蜀永平二年(912年),改薛城县为保宁县。
北宋时期,盖州徙治茂州(在今茂县境内),后废;置羁縻珰州,治所在今茂县西北境,后废;置羁縻直州,治所在今茂县西南五里,后废;置羁縻远州,治所在今茂县境,后废;置羁縻飞州,治所在今茂县境,后废。
北宋天圣元年(1023年),改通化县为金川县。
北宋景祐三年(1036年),改维州为威州。
景祐四年(1037年),复改金川县为通化县。
北宋政和四年(1114年),置春祺县,治所在今理县孟屯河中下游。
北宋宣和三年(1121年),废春祺县。
汶山县、汶川县、珰州、直州、时州、涂州、远州、飞州、乾州、可州、向州、居州属成都府路茂州;保宁县、通化县、保州、霸州属成都府路威州。

宋后,废时州、涂州、乾州、可州、向州、居州。
元朝时期,置松州,治所在今松潘县;置松潘叠宕威茂州宣抚司,治所在松州,属宣政院吐蕃等路宣慰使司都元帅府,后废,
元至元十九年(1286年),废保宁县入威州;废汶川县,后复置。
汶山县、汶川县属宣政院吐蕃等路宣慰使司都元帅府茂州;通化县属四川等处行中书省成都路威州。

元末,明玉珍复置保宁县。
明朝时期,置沙坝安抚司,治所在今茂县西北;置实大关副长官司,治所在今茂县曙光乡石大关;置大金川土司,在今金川县;置小金川土司,在今小金县。
明洪武初,废汶山县入茂州。
洪武三年(1370年),废通化县。
洪武六年(1373年),析保宁县置保县,治所在今理县薛城镇。
洪武七年(1374年),置静州长官司,治所在今茂县静州村;置岳希长官司,治今茂县西南;置陇木长官司,治所在今茂县陇木头。
洪武十二年(1379年),置松州卫、潘州卫,治所在今松潘县,寻并松州卫、潘州卫为松潘卫,属四川都指挥使司。
洪武十六年(1383年),复置汶山县。
洪武十七年(1384年),废汶山县入茂州。
洪武二十年(1387年),废保宁县入威州;废松州,改松潘卫为松潘等处军民指挥使司。
明永乐五年(1407年),置杂谷安抚司,治所在今理县。
明宣德二年(1427年),置麻儿匝安抚司,治所在今马尔康县,属松潘卫,后废。
宣德七年(1432年),汶川县徙治寒水驿(在今汶川县绵虒镇)。
明正统六年(1441年),置瓦寺安抚司,治所在今汶川县涂禹山。
明嘉靖四十二年(1563年),复改松潘等处军民指挥使司为松潘卫。
汶川县、沙坝安抚司、静州长官司、实大关副长官司、陇木长官司属四川承宣布政使司成都府茂州;保县、瓦寺安抚司、杂谷安抚司、大金川土司、小金川土司属四川承宣布政使司成都府威州。

清康熙五十九年(1720年),加瓦寺宣慰司衔。
清雍正元年(1723年),改大金川土司为大金川安抚司,属松茂道。
雍正五年(1727年),废威州入保县,保县徙治故威州城(在今汶川县)。
雍正六年(1728年),升茂州为直隶州。
雍正九年(1731年),改松潘卫设松潘厅。
清乾隆十七年(1752年),改杂谷安抚司设杂谷厅。
乾隆二十五年(1760年),改杂谷厅为直隶厅。
乾隆四十一年(1776年),改大金川安抚司设阿尔古厅;改小金川土司设美诺厅;置阿尔古屯,治所在今金川县,属阿尔古厅。
乾隆四十四年(1779年),阿尔古厅并入美诺厅;改阿尔古屯为绥靖屯。
乾隆四十八年(1783年),改美诺厅为懋功屯务厅。
清嘉庆元年(1796年),升瓦寺安抚司为宣慰司。
嘉庆六年(1801年),废保县。
嘉庆八年(1803年),改杂谷厅设理番厅。
汶川县、瓦寺宣慰司、沙坝安抚司、静州长官司、岳希长官司、实大关副长官司、陇木长官司属四川省茂州;松潘厅、理番厅、懋功屯务厅属四川省。

民国二年(1913年),汶川县、理番厅、松潘厅、懋功屯务厅、茂州属四川省川西道。
民国三年(1914年),改川西道为西川道;改茂州设茂县;改理番厅设理番县;改松潘厅设松潘县;改懋功屯务厅设懋功县。
民国十七年(1928年),废西川道;松潘县、理番县、懋功县、茂县、汶川县属四川省松理懋茂汶屯殖督办公署。
民国二十四年(1935年),茂县、汶川县、理番县、松潘县、懋功县属四川省第十六行政督察区。
民国二十五年(1936年),于故绥靖屯置靖化县,属四川省第十六行政督察区。
民国三十四年(1945年),改理番县为理县。
1950年,茂县、汶川县、理县、松潘县、懋功县、靖化县属川西行署区茂县专区。
1952年,撤川西行署区,茂县专区属四川省;汶川县徙治威州镇;析理县置芦花行政委员会。
1953年,改茂县专区为四川省藏族自治区;懋功县更名为小金县;靖化县更名为大金县;析理县设马尔康办事处;设壤塘行政委员会;理县徙治杂谷脑;析松潘县设南坪县属四川省藏族自治区;设芦花县,属四川省藏族自治区。
1954年,改芦花县为黑水县;设阿坝县,属四川省藏族自治区。
1955年,四川省藏族自治区更名为阿坝藏族自治州。
1956年,改马尔康办事处设马尔康县,设若尔盖县,皆属阿坝藏族自治州。
1958年,理县徙治刷经寺;茂县、汶川县、理县从阿坝藏族自治州划出,合并为茂汶羌族自治县;设壤塘县,属阿坝藏族自治州。
1959年,理县徙治哈拉玛。
1960年,废南坪县入松潘县;废理县;大金县更名为金川县;设红原县,属阿坝藏族自治州。
1963年,复设南坪县,复设理县,治所在杂谷脑镇,皆属阿坝藏族自治州。
1987年,阿坝藏族自治州更名为阿坝藏族羌族自治州;撤茂汶羌族自治县,复设茂县、汶川县、理县,皆属阿坝藏族羌族自治州。
1997年,南坪县更名为九寨沟县。
2015年,改马尔康县为省辖县级马尔康市,由阿坝藏族羌族自治州代管。
阿坝藏族羌族自治州辖汶川县、理县、茂县、松潘县、九寨沟县、金川县、小金县、黑水县、壤塘县、阿坝县、若尔盖县、红原县,代管马尔康市。
